计算机科学系
27坟地
霍兰德，密歇根州49423
(616) 395 - 7429
神学研究硕士，Winebrenner神学院，1998年。
计算机科学(人工智能)博士，俄亥俄州立大学，1991年。
1986年，俄亥俄州立大学计算机科学硕士。
1985年，俄亥俄州立大学计算机科学与数学学士学位。
计算机科学教授，霍普学院，荷兰，密歇根，(2014 -至今)世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地
计算机科学副教授，霍普学院，霍兰德，密歇根(2008 - 2014)世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地
计算机科学助理教授，霍普学院，霍兰德，密歇根(2002 - 2008)世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地
高级软件工程师，NetGenics, Inc./LION bioscience Inc. (1998 - 2002)
大委员会各部校园部长(1991 - 1998)
俄亥俄州立大学研究生研究助理(1987 - 1991)
研究生助教，俄亥俄州立大学(1986 - 1987)
计算机机械协会，计算机科学教育特别兴趣小组
(*指定学生合著者)
SMD sever、刘f、张q、J Jeffryes、JP Faria、JN Edirisinghe、M Mundy、N Chia、E Noor、ME Beber、AA Best、M DeJongh、JA Kimbrel、P D 'haeseleer、SR McCorkle、JR Bolton、E Pearson、S Canon、EM Wood-Charlson、RW Cottingham、AP Arkin、CS Henry、ModelSEED生物化学数据库用于整合植物、真菌和微生物的代谢注释和代谢模型的重建、比较和分析，核酸研究第49卷D1期，2021年1月。
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Aziz, R, Bartels, D, Best, A, DeJongh, M, Disz, T, Edwards, R， *Formsma, K, Gerdes, S, Glass, E, Kubal, M, Meyer, F, Olsen, G, Olson, R, Osterman, A, Overbeek, R, McNeil, L, Paarmann, D, Paczian, T, Parrello, B, Pusch, G, Reich, C, Stevens, R, Vassieva, O, Vonstein, V, Wilke, A, Zagnitko, O，《RAST服务器:使用子系统技术的快速注释》BMC基因组学2008年2月，第9卷第75期。
贝斯特(A)、德琼(M)、巴顿(A)、布朗(J)、巴尼(C):“霍普学院跨学科研究与服务学习模式”，世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地本科生研究理事会季刊2007年12月。
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杨晓明，“生物信息学在中国的应用”，《中国生物信息学》杂志世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地转型:数字时代的文科2004年4月，第二卷第1期。
McEntire, R, Karp, P, Abernethy, N, Olken, F, Kent, R, DeJongh, M, tarcsy - hornoch, P, Benton, D, Pathak, D, Helt, G, Lewis, S, Kosky, A, Neumann, E, Hodnett, D, Tolda, L，和Topaloglou, T，《生物信息学本体交换语言的评价》，载第八届分子生物学智能系统国际会议论文集，239-250页，AAAI出版社，门洛帕克，加州，2000年。
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Johnson, K, Johnson, T, Smith, J, DeJongh, M, Fischer, O, Amra, N，和Bayazitoglu, A，“RedSoar-A系统的红细胞抗体识别”，载第十五届计算机在医疗保健中的应用年会论文集， 664-668页，麦格劳希尔，华盛顿特区，1991年。
李晓明，“问题解决的领域集成模型”，硕士论文第十一届专家系统及其应用国际会议论文集，页125-135，阿维尼翁，法国，1991年。
(*指定学生合著者)
DeJongh M，“构建微生物代谢建模的致命应用程序:从ModelSEED到KBase，”受邀演讲，代谢组学2016网络与路径会议，都柏林，爱尔兰，2016年6月28日。
DeJongh M，“构建微生物代谢建模的杀手级应用程序:从ModelSEED到KBase，”卢森堡系统生物医学中心，2015年9月25日。
DeJongh M, Henry C, Arkin A，等，“美国能源部系统生物学知识库中的代谢建模”，COBRA 2014 -第三届基于约束的重构与分析会议2014年5月，弗吉尼亚州夏洛茨维尔。
* *Hazekamp N， *Kammeraad J， *Bockstege B, DeJongh M，“使用CytoSEED插件的肺炎分枝杆菌模型的比较分析，代谢模型可视化，”邀请发表于ASBMB 20122012年4月，加州圣地亚哥。
*Poel, N, Best, A, Henry, C，“昆虫的基因组级代谢模型揭示了戊糖磷酸途径的新途径”，邀请发表于ASBMB 2010加利福尼亚州阿纳海姆，2010年4月。
Henry, C, DeJongh, M, Best, A， *Frybarger, P, Stevens, R，“140个新的基因组尺度代谢模型的高通量构建和优化”，发表于若宾20092009年6月，法国南特。
贝斯特，A, DeJongh, M， *Boillot, P， *Bowerman, N， *Formsma, K， *Frybarger, P， *Wilkening, J，“在SEED中实现基因组尺度代谢网络的自动化生成”，中国生物医学工程学报(英文版美国微生物学会第107届全体会议2007年5月，安大略省多伦多。
“跨越生物学、数学和计算机科学的跨学科研究:微生物生命的基因组尺度代谢重建和建模”，邀请发表论文中部数学与科学联盟:跨学科科学教育圣奥拉夫学院，诺斯菲尔德，明尼苏达州，2007年2月23-24日。
“基于种子的基因组尺度代谢模型的自动生成”，中国生物技术大学学报(自然科学版)能源基因组系:GTL奖得主工作坊V马里兰州贝塞斯达，2007年2月11日至14日。
“在霍普大学生物信息学教学中的两种互补方法”，中华民国生物科学与工程学院特邀演讲世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地生物信息学实习2006年6月19日至21日，美国缅因州路易斯顿贝茨学院。
Best, A和DeJongh, M.“基于研究的生物信息学教学方法:使用SEED的微生物基因组注释和代谢建模，”第13届美国微生物学会本科教育者会议2006年5月19-21日，佛罗里达州奥兰多，中佛罗里达大学。
“希望学院的生物信息学”，特邀演讲世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地阿尔比恩大学数学与生物讨论会系列2005年3月31日，密歇根州阿尔比恩。
“生物信息学中Perl编程的开始”，应邀发表于生物信息学研讨会美国细胞生物学学会第44届年会2004年12月4日至8日，华盛顿特区。
杨晓燕，“生物信息学实践教学在生物信息学研究中的应用”，中国生物信息学会学术研讨会伊萨卡之旅:技术、合作和文理学院的未来2004年11月7-9日，美国国家技术与自由教育学院，伊利诺伊州芝加哥。
DeJongh, M，“生物信息学的Perl入门编程”，在中西部教学技术中心生物信息学实践教学研讨会20世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地04年5月13-15日，密歇根州霍兰德霍普学院。
DeJongh, M, Burnatowska-Hledin, M，“生物信息学入门课程”，在中西部教学技术中心生物信息学实践教学研讨会20世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地04年5月13-15日，密歇根州霍兰德霍普学院。
戴宗瀚，杨志刚，杨志刚，“生物信息学在计算机科学教育中的应用”，硕士论文SIGCSE 20042004年3月3日至7日，弗吉尼亚州诺福克。
李志明，“生物信息学在计算机科学课程中的应用”，硕士论文SIGCSE 20042004年3月3日至7日，弗吉尼亚州诺福克。
*范·多特，*Ramsay， *李晓燕，“基因本体中分子功能与生物过程术语的关联及其在基因表达数据分析中的应用”，硕士论文2004年太平洋生物计算研讨会2004年1月6日至10日，夏威夷科纳。
“生物信息学在本科教学中的应用”，硕士论文生物2010:生物问题的计算解决方案华盛顿大学医学院，2003年6月24-26日。
“生物信息学在本科教学中的应用”，硕士论文创新科学教学:以科技促学2003年5月31日至6月1日，德堡大学。
DeJongh, M和Burnatowska-Hledin, M，“使用互联网资源的生物信息学入门练习”本科课程中的生物信息学2003年3月21-22日，迪金森学院。
戴荣华，“功能知识与因果知识在RED中的应用”，发表于1990年10月，南加州大学，第八届SOAR研讨会。
DeJongh, M和Smith, J，“整合多个专业知识模型”，发表在AAAI春季研讨会上，人工智能在医学，斯坦福大学，1990年3月。
戴宗华，刘志强，“知识与符号层次的桥梁:面向集成的知识工程环境”，发表于中国计算机工程学会知识系统开发工具和语言AAAI春季研讨会，斯坦福大学，1989年3月。
“细菌世界中代谢多样性的特征研究”，硕士论文眼镜蛇20182018年10月14日，美国华盛顿州西雅图。
“模拟细菌代谢和遗传调控”，在庆祝大学生研究和创造性表现20世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地15年4月15日，密歇根州霍兰德霍普学院。
Deeg C, Kondo S，“提出代谢通路间隙反应的基因”，在庆祝大学生研究和创造性表现20世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地14年4月11日，密歇根州霍兰德霍普学院。
Kammeraad, J, Houg, A, Kondo, S, DeJongh, M，“使用CytoSEED插件的肺炎分枝杆菌模型的比较分析，代谢模型可视化，皮尤中部州科学和数学联盟的本科生研究研讨会2012年11月，密苏里州圣路易斯市。
Hazekamp N, Kammeraad J, Bockstege B, DeJongh M，“使用CytoSEED插件进行代谢模型可视化的肺炎分枝杆菌模型的比较分析”，海报展示和荣誉奖获得者ASBMB 20122012年4月，加州圣地亚哥。
王晓明，王晓明，“种子中代谢反应网络的生成与优化””,在ISMB 20082008年7月19日至23日，安大略省多伦多。
Frybarger, P，“扩大基因组尺度代谢模型的范围”，在第七届大学生研究与创意表演庆祝活动密歇世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地根州霍兰德霍普学院，2008年3月28日。
P，“原核生物基因组的比较代谢模型”，国立生物科学研究院大学生研究委员会2007年在山上张贴的海报2007年4月25日，华盛顿特区。
“基因组尺度代谢模型的自动生成”，在SIGCSE 2007学生研究比赛2007年3月7日至10日，肯塔基州科温顿。
Boillot, P, Formsma, K，“基因组尺度代谢模型的自动生成”，在第六届大学生研究与创意表演庆典20世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地07年1月29日，密歇根州霍兰德霍普学院。
安布罗斯(J)， Formsma, K, Gould, J，“KEGG通路在SEED中的整合”，在阿贡国家实验室科学、工程和数学本科生研讨会2005年11月4-5日，伊利诺伊州阿贡的阿贡国家实验室。
Blumenberg, K, Wilkening, M，“挖掘基因本体论中的隐式链接”，在第十一届大学计算机科学联合会:中西部会议2004年10月1日至2日，美国密歇根州卡拉马祖学院。
Sumner, N, Evans, T, DeJongh, M，“模拟系统发育树的物种形成和灭绝率对分枝长度的影响”生物与医学数学国际会议2004年7月25日至28日，密歇根大学安阿伯分校。
Ramsay, B, Van Dort, P，“基因表达分析的基因功能建模和细胞过程”，在SIGCSE 2004学生研究比赛2004年3月3日至7日，弗吉尼亚州诺福克。
Ramsay, B, Van Dort, P，“基因和细胞过程的功能建模”，在皮尤中部州科学和数学联盟的本科生研究研讨会2003年11月14-16日，密苏里州圣路易斯市。
国家科学基金会，协同研究:RUI:模拟转录组推断的基因活性状态，用于研究测序微生物的代谢和调节多样性，奖项编号MCB-1775211, 2017年8月起生效。
国家科学基金会，RUI:非宿主相关埃希氏菌群体的基因组嵌合动力学，奖项编号MCB-1616737, 2016年8月至2019年7月。
2016年2月至6月，卢森堡大学卢森堡系统生物医学中心富布赖特研究学者。
国家科学基金会，合作研究:RUI:开发综合代谢调控模型(imrm)，用于研究测序微生物的代谢和调控多样性，奖项编号MCB-1330734, 2013年10月至2016年9月。
能源部，KBase:预测生物学和环境研究的综合知识库2011年9月至2016年8月分包给阿贡国家实验室。
国家科学基金会，扩展RAST服务器以支持蜂窝网络的重建和建模，奖项编号DBI-0850546, 2009年9月至2013年8月。
法国波尔多信息研究实验室富布赖特研究学者富布赖特-阿基坦地区委员会奖， 2009年1月至6月。
国家科学基金会，瑞:所有微生物基因组的自动代谢重建与Aaron Best博士(生物学)合作，奖项编号MCB-0745100, 2008年8月至2012年7月。
阿贡国家实验室，客座教授计划， 2006年至今。
世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地希望学院,霍华德·休斯医学研究所跨学科研究教员发展补助金与Aaron Best博士(生物学)和Nathan Tintle博士(数学)，2006年夏。
世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地希望学院,霍华德·休斯医学研究所跨学科研究教员发展补助金与Aaron Best博士(生物学)，2005年夏。
世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地希望学院,托斯利研究学者奖， 2005年1月。
国家计算科学研究所，开发虚拟小程序以增进对希望学院生物本科课程概念的理解世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地2004年9月，黛比·斯沃瑟。
世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地希望书院教师发展基金基因表达数据分析的基因功能建模和细胞过程2004年6月。
中西部教学技术中心，生物信息学工作坊实践教学2004年5月，与Maria Burnatowska-Hledin。
计算机机械协会，计算机科学教育特别兴趣小组:计算机科学课程中的生物信息学霍普学院的玛丽亚·伯纳托夫斯卡-赫丁，以及霍普学院的马克·勒布朗和贝琪世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地·戴尔马萨诸塞州惠顿学院2003年7月。
计算机科学系主任，2018-21
高级研讨会主任，2018-21
总统搜索委员会，2018年
教师主持人，2016-18
教务长过渡委员会，2017年
校园总体规划委员会，2016- 2017
战略计划- 2015年学术特色研究小组(主席)
专业兴趣委员会，2010,2011-13(主席)，2016-18
2014-15行政事务委员会(秘书)
关键问题研讨会策划委员会，2013-14
计算机科学系主任，2013年