标题
在原核生物基因为解释分析微阵列实验
文档类型
文章
出版日期
11-5-2008
出版来源
BMC生物信息学
卷号
9
第一页
469年
出版商
生物医学中心有限公司
石头
1471 - 2105
文摘
背景
尽管DNA微数组技术的广泛使用,的问题是最好解释的财富如何gene-by-gene转录水平测量。最近,方法提出了使用生物定义组基因解释,而不是gene-by-gene检查结果。尽管严重的限制,一个方法基于确切概率法依然是为数不多的似是而非的选项组基因分析当一个实验几乎没有复制,因为通常是原核生物。
结果
我们延长五个基因的方法设置使用的多个复制实验的分析,用几个复制用于实验。然后我们使用模拟和实际数据相互比较这些方法的确切概率法(场效应晶体管)方法。仿真的结果我们发现一种方法叫MAXMEAN-NR,假阳性结果的保持名义汇率(I型错误率),同时提供良好的统计能力和鲁棒性的各种基因集的分布大小至少10。其他方法(ABSSUM-NR或SUM-NR)所示为设置强大的大小小于10。三组实验数据的分析显示了类似的结果。此外,MAXMEAN-NR方法能够检测显示生物相关集重要,当其他方法(包括场效应晶体管)不能。我们还发现流行GSEA-NR MAXMEAN-NR相比,方法执行不佳。
结论
MAXMEAN-NR是一组基因的方法分析实验几乎没有复制,为原核生物是很常见的。仿真和实际数据分析的结果表明,MAXMEAN-NR方法提供了增加鲁棒性和生物相关性的发现场效应晶体管和其他方法相比,在保持名义I型错误率。
关键字
生物信息学、基因表达
建议引用
发表在:BMC生物信息学卷9日,11月5日,2008年,页469 -。版权©2008生物医学中心有限公司,英国伦敦。
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