标题
向公司的代谢网络的自动生成的种子
文档类型
文章
出版日期
2007年
出版来源
BMC生物信息学
卷号
8
第一页
139年
出版商
生物医学中心有限公司
石头
1471 - 2105
文摘
背景
公司当前的方法自动生成的代谢网络关注基因组注释和初步的生化反应网络大会,但并不能恰当地处理过程识别和填补空白的反应网络,和验证网络适用于系统级分析。因此,目前只有足够的生成方法编写品质网络,和细化的反应网络在很大程度上仍是一个手册,劳动密集型的过程。
结果
我们公司已经开发出一种方法生成的代谢网络,生成充分完整的反应网络,适用于系统层面分析。我们的方法的反应空间分区中部和中间代谢成离散,可以组装和互连组件验证独立于彼此,然后综合验证的互连。我们开发了一个数据库的组件,这些组件是常见的生物,并创造了工具来自动装配适当的组件为特定生物体代谢途径的基础上在生物体的基因组中编码。这个手册的努力集中于部分生物体的新陈代谢,还没有在数据库中表示。我们已经证明了我们的方法的有效性通过逆向工程和自动再生的反应网络出版公司代谢模型金黄色葡萄球菌。此外,我们已经证实,我们的方法利用了常见的反应网络组件创建的数据库金黄色葡萄球菌,通过使用这些组件产生明显反应网络的完整重建从其他三个出版代谢模型(大肠杆菌,幽门螺杆菌,Lactococcus lactis)。我们实现了我们的工具和数据库中的种子,一个开源软件环境比较基因组注释和分析。
结论
我们的方法设置为大幅完整的代谢网络的自动生成目前超过400个完整基因组序列的种子。处理与每个基因组,使用我们的工具,常见的数据库组件覆盖更多的生长代谢途径的多样性。这增加的可能性,随后处理基因组反应网络的组件可以从数据库检索,而不是手动组装和验证。
关键字
生物信息学、新陈代谢建模
建议引用
发表在:BMC生物信息学,卷8,2007,页139 - 1月1日。版权©2007生物医学中心有限公司,英国伦敦。
