标题

评估的一致性基因集用于细菌的基因表达数据的分析

作者

内森·l·Tintle
亚历山德拉Sitarik
本杰明Boerema
凯莉年轻
亚伦最好,世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地遵循
马修·德容,世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地遵循

文档类型

文章

出版日期

夏天8-8-2012

出版来源

BMC生物信息学

卷号

2012年

问题数量

13

第一页

193年

出版商

生物医学中心

文摘

背景

统计分析的全基因组基因表达数据需要功能信息,以产生有意义的生物的结论。基因本体论(去)和《京都议定书》百科全书的基因和基因组(KEGG)是最常见的功能分类基因集。对于细菌来说,种子和MicrobesOnline提供选择,互补基因集的来源。迄今为止,没有综合评价数据的获得这些资源已经完成。

结果

我们定义一系列的基因集的一致性指标直接关系到最常见的类型的统计分析基因表达数据,然后执行一个全面分析3581年Affymetrix基因表达阵列17个不同的细菌。我们发现基因集获得去KEGG证明低比从种子和MicrobesOnline获得一致性,无论基因集的大小。

结论

尽管去和KEGG基因集的广泛使用细菌基因表达数据分析,种子和MicrobesOnline提供更加一致的等各种各样的统计分析数据。增加使用种子和MicrobesOnline基因集的细菌基因表达数据的分析可以提高统计能力和表达数据的效用。

建议引用

Tintle,内森•L。,亚历山德拉Sitarik,本杰明Boerema,凯莉年轻,亚伦最好and Matthew DeJongh. "Evaluating the Consistency of Gene Sets Used in the Analysis of Bacterial Gene Expression Data." BMC Bioinformatics 2012, no. 13 (2012): 193.