标题

咪唑的氨基端Acylamido集团——和Pyrrole-Containing聚酰胺在DNA序列特异性和亲和力

文档类型

文章

出版日期

6-23-2009

出版来源

生物化学

卷号

48

问题数量

24

第一页

5679年

最后一页

5688年

出版商

美国化学学会

石头

0006 - 2960

文摘

氨基咪唑和formamido小组pyrrole-containing聚酰胺导致堆叠聚酰胺在DNA小沟结合交错的主题,同时也增加了亲和力non-formamido化合物的相比。进一步调查的作用影响的氨基端acylamido序列特异性和亲和力,聚酰胺6包含核心triheterocyclic结构类似物IPI是设计和合成,以及acylamido一部分报告内容包括以下:formamido (f-IPI, 1), acetamido (Ac-IPI, 2), trifluoroacetamido (Tf-IPI 3) N-methylureido (Mu-IPI 4) N-methylpyrrole-2-carboxamido(皮皮,5),和C-13-labeled formamido-IPI化合物(C-13-f-IPI 6)。此外,两个nonacylated IPI化合物也被合成和研究,即amino-containing (NH2-IPI 7)和non-formamido (nf-IPI 8)化合物。绑定的特点研究了化合物1 - 8使用分子生物学和生物化学的方法,其中包括生物物理技术,如DNA融化,圆二色性,等温滴定calorimety,表面等离子体共振和DNase我足迹。除了nf-IPI NH2-IPI,所有其他化合物优先与同源序列,5‘-ACGCGT-3’。生物物理结果表明,所有六个化合物在小沟结合在DNA序列同源堆叠,交错,反平行的二聚体。从最高到最低订单绑定相似如下:f-IPI > P-IPI > Ac-IPI > Mu-IPI > Tf-IPI氨基和nf-IPI。因此,拥有一个acylamido n端是很重要的一部分DNA聚酰胺的绑定。在堆放和交错的主题。根据碳足迹分析,P-IPI (5), Ac-IPI (2), Mu-IPI(4),和Tf-IPI(3)展出一些增强序列偏好的同源5“-ACGCGT-3”f-IPI(1)核磁共振分析(c13) f-IPI-CGCGnmr在前场的复杂略有转变formamido c13信号表明一半仍然完好无损。亲和力的趋势表明,空间因素发挥作用,小和平面芳香acylamido单位如f, Ac, P是首选。 Polar groups, such as in Mu-IPI (4) and Tf-IPI (3), afforded negative effects on binding affinity, compared to that of Ac-IPI (2).

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