文档类型
文章
出版日期
12-23-2013
出版来源
微生物学前沿
卷号
4
出版商
前沿研究基金会
石头
1664 - 302 x
文摘
L-rhamnose (Rha)是一个deoxy-hexose糖在自然界中普遍存在。L-Rha以前分解代谢过程的特点在不同的细菌包括大肠杆菌。然而,未能识别的所有基因同源性搜索完成L Rha利用途径在不同微生物物种参与生物质分解。此外,L-Rha分解代谢的调节机制仍不清楚在大多数物种。比较基因组学的方法被用来重建L-Rha降解途径和转录调节子门放线菌,拟杆菌门,Chloroflexi,厚壁菌门,变形菌门,Thermotogae。重建的途径包括多个新颖的酶和转运蛋白参与了利用L-Rha L-Rha-containing聚合物。大规模的调节子推理使用生物信息学发现显著差异,在基因转录监管机构L-Rha利用细菌。一种新型双功能酶,L-rhamnulose-phosphate醛缩酶(RhaE)融合L-lactaldehyde脱氢酶(RhaW),以前不是同源L-Rha特征分解酶,被发现在不同的细菌包括Chloroflexi、杆菌和Alphaproteobacteria。通过体外生化检测,我们验证酶活动的蛋白质纯化重组RhaEW Chloroflexus aurantiacus和枯草芽孢杆菌。另一个小说L-Rha分解代谢的酶,L-lactaldehyde还原酶(RhaZ),在Gammaproteobacteria识别,通过实验验证通过体外酶化验使用鼠伤寒沙门氏菌的重组蛋白。 C. aurantiacus induced transcription of the predicted L-Rha utilization genes when L-Rha was present in the growth medium and consumed L-Rha from the medium. This study provided comprehensive insights to L-Rha catabolism and its regulation in diverse Bacteria.
关键字
重建L-rhamnose分解代谢,代谢,调节子,比较基因组学,Chloroflexus,转录调控网络,Leguminosarum Bv Trifolii,春天微生物垫,大肠杆菌,Salmonella-typhimurium, Thermotoga-maritima, Rhizobium-leguminosarum,枯草芽孢杆菌,L-fucose, L-rhamnulose-1-phosphate醛缩酶
建议引用
希尔Rodionova IA,李X, V, Stolyar年代,斯坦顿K,弗雷德里克森JK,科比哒,奥斯特曼,最好的AA和Rodionov DA(2013)比较基因组学和功能分析的鼠李糖和调节子在细菌分解代谢过程。前面。Microbiol 4:407。doi: 10.3389 / fmicb.2013.00407
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版权©2013 Rodionova,李、泰尔Stolyar,斯坦顿,弗雷德里克森,科比,奥斯特曼和Rodionov最好。这是一个开放分布式根据文章知识共享归属许可(CC)。使用、分发或复制在其他论坛是允许的,提供了原始作者(年代)或许可方认为,最初发表在这个期刊引用,按照公认的学术实践。没有使用、分发或复制是不符合这些条件的允许。